Kantor Sekretatiat bertempat di Komplek Pondok Pesantren Todungih.
Kantor Sekretariat merupakan layanan sentral Pondok Pesantren Todungih, di kantor inilah proses manajemen Pesantren berjalan dan terus di kembangkan, kantor sekretariat juga menjadi kantor kerja bagi Pengurus Harian, Bendahara, Sekretaris dan Pengurus Pelaksana.Kantor Sekretariat Terdiri dari empat ruang tertutup yang berfungsi sebagai Kantor Madrasiyah, Kantor Makhadiyah, Kantor Sekretaris dan Ruang Guru. Selain itu ada satu ruang terbuka yang berfungsi sebagai auditorium. Dan di tempat yang terpisah ada sebuah Kantor husus untuk kebendaharaan.
Perbaikan manajemen pun terus dilakukan untuk peningkatan administrasi dan pelayanan termasuk dengan menciptakan layanan satu pintu, dalam hal ini diusahakan semua komputer yang ada di Pondok Pesantren Todungih terhubung antara satu dengan yang lain. Di antara keuntungan layanan satu pintu adalah mencegah liarnya data santri dan mudahnya pelayanan pembayaran iuran santri.
Pembayaran iuran diterima melalui Kopontren Pondok Pesantren Todungih, tapi datanya bisa diakses dari komputer lain yang ada di Kantor Sekretariat.
Kantor Sekretariat dikendalikan oleh Sekretaris Umum, dibantu oleh 3 (tiga) Sekretaris yaitu sekretaris I, Sekretaris II dan Sekretaris III. Adapun tugas masing-masing sekretaris sebagaimana berikut :
Sekretaris I, bertugas di bagian 1) Kelengkapan administrasi, 2) Korespondensi dan kearsipan, 3) Menangani data dan statistik, 4) Notulensi rapat.
Sekretari II, bertugas di bagian 1) Penerbitan kartu identitas, 2) Jaringan dan internet, 3) Pengadaan, perawatan dan pengawasan komputer, 4) Desain Grafis, 5) Dokumentasi berkas, foto, video dan audio visual 6) Herregitrasi dan administrasi perizinan, 7) Pendataan santri baru, 8) Media online & Offline.
Sekretari III : Bertugas 1) Layanan konsumsi Kantor Sekretariat, 2) Kebersihan, 3) Estetika, 4) Perawatan dan penyediaan alat-alat kantor dan akomodasi, 5) Perawatan kendaraan.
Secara garis besar Tugas sekretaris adalah mewujudkan lembaga kesekretariatan yang profesional didalam mengembangkan manajemen serta mengawasi dan melayani semua kebutuhan administrasi, informasi dan komonikasi di Pondok Pesantren Todungih.
